Seit 1986 sind die Unterkünfte der Peregrina-Stiftung für die Unterbringung, Verpflegung und Betreuung von Personen des Asylbereichs im Kanton Thurgau zuständig. Der Leitgedanke der Unterbringung und Betreuung in den Unterkünften ist es, die Selbständigkeit von Personen des Asylbereichs zu erhalten und zu fördern. Gleichzeitig leisten die Unterkünfte die notwendige Unterstützung in der Alltagsbewältigung und bieten Deutschkurse und Integrationslektionen im Rahmen der "Erstintegration Durchgangsheim" sowie Beschäftigungsangebote wie Wald- und Naturschutzeinsätze an. Dazu betreibt die Peregrina-Stiftung in Amriswil, Arbon, Frauenfeld, Hefenhofen, Romanshorn und Weinfelden Unterkünfte für jeweils 19 bis 90 Personen.
Nachdem die schutzsuchenden Personen in einem Bundesasylzentrum (BAZ) ein Asylgesuch gestellt haben, werden sie nach einem Verteilschlüssel den Kantonen zugewiesen. Mit dem neuen Asylverfahren erhalten Personen des Asylbereichs vermehrt schon während ihres Aufenthalts im BAZ einen Asylentscheid.
Alle dem Kanton neu zugewiesenen Personen, welche noch im laufenden Verfahren sind oder bereits ein Bleiberecht erhalten haben, werden in einem Durchgangsheim (DH) der Peregrina-Stiftung untergebracht. Nach den ersten Monaten in der Asylunterkunft werden vorläufig aufgenommenen Ausländern anhand eines kantonalen Verteilschlüssels den Gemeinden zugewiesen. Vorläufig aufgenommene und anerkannte Flüchtlinge haben grundsätzlich freie Wohnsitzwahl und werden im Auftrag des Kantons von der Peregrina-Stiftung bei der Wohnungssuche unterstützt. Nach einem Übergangsmonat wechselt die Zuständigkeit für die Ausrichtung der Sozialhilfe zu der jeweiligen Wohnsitzgemeinde. Personen im Verfahren bleiben i.d.R. bis zum Asylentscheid in den Asylunterkünften wohnhaft. Ebenso bleiben unbegleitete minderjährige Personen des Asylbereiches (UMA) in den Strukturen der Peregrina-Stiftung wohnhaft, bis sie die Volljährigkeit erreicht haben.
Personen mit einem rechtskräftigen Nichteintretensentscheid (NEE) und Personen, deren Asylgesuch negativ beschieden und rechtskräftig abgeschlossen wurde (NegE), sind ausreisepflichtig und haben nur Anspruch auf Nothilfe, welche in einer Nothilfeunterkunft (NUK) der Peregrina-Stiftung erbracht wird.