Nach einer stetigen Zunahme der Asylgesuche in den 1980er-Jahren wurde für die Unterbringung und Betreuung der Asylsuchenden nach einer sinnvollen Verteilung auf die Kantone gesucht. Der Regierungsrat des Kantons Thurgau erklärte sich 1985 bereit, 220 Asylsuchende vom Kanton Basel-Stadt zu übernehmen und gelangte mit der Anfrage um Mitwirkung an die beiden Landeskirchen. Diese gründeten zusammen die Peregrina-Stiftung, welche seither im Auftrag des kantonalen Sozialamtes die Asylsuchenden im Kanton Thurgau betreut.
1986 wurde die erste Asylunterkunft an der Häberlinstrasse in Frauenfeld eröffnet. Bereits ein gutes Jahr später musste nach weiteren Unterkünften Ausschau gehalten werden. So wurde im März 1988 in Arbon die erste Aussenstelle eröffnet. Es folgten weitere in Romanshorn, Amriswil, Weinfelden, Thundorf, Aadorf, Egnach und anderen Gemeinden. Einige der Unterkünfte wurden zwischenzeitlich wieder geschlossen oder wechselten innerhalb der Gemeinde den Standort. Aufgrund der stetig hohen Anzahl der Asylgesuche, entwickelte der Bund 1988 einen Verteilschlüssel für die Kantonszuweisungen. Seither werden die Asylsuchenden prozentual zur Wohnbevölkerung jedes Kantons verteilt.
Seit einer Gesetzesrevision im Jahr 2004 haben Personen mit einem rechtskräftigen Nichteintretensentscheid nur noch Anspruch auf Nothilfe. Die Bereitstellung der Nothilfeunterkunft wurde von der Peregrina-Stiftung übernommen. Infolge einer weiteren Gesetzesrevision 2008 wurde der Ausschluss aus dem Sozialhilfesystem auf Personen ausgedehnt, deren Verfahren rechtskräftig abgeschlossen wurde und die somit ebenfalls ausreisepflichtig sind.
Im Jahr 2010 übernahm die Peregrina-Stiftung die Flüchtlingsbegleitung im Kanton. Die Flüchtlingsbegleitung unterstützt im Auftrag des Kantons Thurgau die anerkannten und vorläufig aufgenommenen Flüchtlinge in den ersten Jahren nach der Anerkennung bei der beruflichen und sozialen Integration. Das Ziel der Flüchtlingsbegleitung ist es, die Selbstständigkeit sowie die finanzielle Unabhängigkeit der Klientinnen und Klienten zu fördern.
Der grosse Anstieg der unbegleiteten minderjährigen Personen des Asylbereiches (UMA) in der Schweiz Ende 2014, stellte den Asylbereich im Kanton Thurgau vor neue Herausforderungen. Da alle UMA, welche das schulpflichtige Alter überschreiten, in der Regel keine Möglichkeit für einen weiteren Schulbesuch haben, gründete die Peregrina-Stiftung die UMA-Schule. Die UMA-Schule wurde am 30. März 2015 in Betrieb genommen und am 14. Juli 2017 geschlossen, da ab August 2017 die Integrationskurse des Kantons starteten. Im Sinne einer gelingenden Integration der Jugendlichen in Berufsleben und Gesellschaft war es das Ziel der UMA-Schule, diesen UMA zwischen 16 und 18 Jahren eine grundlegende Bildung sowie eine geregelte Tagesstruktur zu bieten.
Im Rahmen der dritten Etappe der Neustrukturierung des Thurgauer Asylwesens wurden die Zuständigkeiten für die Sozialhilfe und die Fallführung Integration neu organisiert.
Dieser kantonale Umstrukturierungsentscheid hatte zur Folge, dass die Flüchtlingsbegleitung per Ende 2021 schweren Herzens aufgelöst werden musste.